如何进行引物设计

问题描述

精选答案

如果这一对通用引物没有信号，说明你这个菌在这两个位置有snp，导致扩增不出来。几个方法可以参考一下。

1:你们大概知道这个菌的种属，那么就去ncbi上找近缘物种的16s序列，做序列比对，设计简并引物，扩增出全长，测序。

2:你们完全不知道种属，上网多找几对通用引物，最好是扩增V3V4区或者V4区的，扩增出部分再去测序比对，一般能确认属，再按照1的方法做。

3:在方法2能扩增部分序列但是设计全长引物扩增失败的情况下，利用得到的部分序列做race。

4:前面全部失败，提取DNA做2代测序，直接测基因组（如果觉得成本太高，可以少测点数据量，够比较就可以了）。