靶向测序技术数据分析流程

问题描述

精选答案

不同的测序项目，数据分析流程及用到的软件有些差异，以转录组测序为例，项目分析流程为：数据产出统计-数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。

用到的软件有SeqPrep、Sickle、Trinity、bowtie、RSEM、edgeR、BLAST、blast2go、blastx/blastp 2.2.24+、Samtools、VarScan v.2.2.7、 msatcommander、goatools、KOBAS。