菌液测序为什么是双峰

问题描述

精选答案

样品本身被污染，这常常发生在样品为质粒和菌液的情况中。当使用通用引物测序时，如果刚好和样品中的几个质粒均能结合，那么就会出现这种情况，而且在同一位置上还可能有不止两个峰形；样品不是单一模板，这常常发生在样品为PCR产物的情况中。由于使用的是特异性引物，因此即使模板中有其他DNA的存在，产生干扰的可能性也很小。

通常是由于存在两条分子量很接近，采用琼脂糖电泳无法分开的条带，在测序时就会发生这种情况； 样品中存在两个引物结合位点，这常常发生在样品中存在重复序列的情况下。当引物恰好设计在重复序列中时，那么在重复序列以外的部分就会出现Twopattern的情况；所用的测序引物不纯，这种情况一般发生在PCR产物测序中。

因为PCR测序一般使用的都是PCR扩增引物，如果引物本身不纯，测序结果会出现双峰。所以我们测序的引物一般要求都是要经过PAGE纯化的；测序样品序列中存在如重复序列，poly结构，发夹结构等复杂结构导致测序信号出现乱峰。