如何从芯片中获得数据

问题描述

精选答案

方法分3种：

1、使用affy包读取。（HGU95/HGU133芯片）

2、使用oligo包读取。（Whole Transcriptome 芯片/ NimbleGen 芯片/ SNP芯片等）

3、使用simpleaffy包读取。（HGU95/HGU133芯片）

说明

1 使用 affy 包读取

1 justRMA

有just.rma和justRMA两种函数可供使用。justRMA整合了读取数据和rma算法处理两个步骤，可以直接读取数据生成ExpressionSet，不产生AffyBatch。

just.rma必须给出要读取的CEL文件的文件名（可以为list），justRMA在不输入任何参数的时候表示读取工作目录下所有的CEL文件。若输入justRMA(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件。推荐输入包含路径的文件名（list.celfiles(full.name = T)的返回值）。

2 read.affybatch

有read.affybatch和ReadAffy两种函数可供选择，均读取CEL文件转换成AffyBatch对象，CEL文件无论是否压缩均可读取。

read.affybatch必须给出要读取的CEL文件的文件名（可以为list）且不能更改读取路径，读取路径固定为工作路径。ReadAffy在不输入任何参数的时候表示读取工作路径下所有的CEL文件。若输入ReadAffy(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件。

2 使用 oligo 包读取read.celfiles

读取CEL文件的时候推荐输入包含路径的文件名。即使用上一步代码list.celfiles(celpath, full.name = T)的返回值。无论CEL文件是否被压缩均可读取。

3 使用 simpleaffy 包读取read.affy

使用simpleaffy包读取CEL文件需要额外提供一个描述实验分组信息（即phenoData)的covdec文件。该文件与CEL文件放在同一目录下。要求covdec文件第一列无列名，含有要读取CEL文件名，剩下的列表示实验因子。

其他回答

自考达人

芯片获得数据的方法是读写程序是在存储器上的，芯片上有固化的一组指令，启动后就加载指定的数据然后开始运行。

类似主板的BIOS,要满足的条件是芯片能读取存储器的内容，并且有存储装置(能写入数据的)这样就能根据芯片的功能获得数据了。

其他回答

电源工程师

1.首先选择目标芯片的型号

2.打开程序代码文件

3.设置好相应的硬件选项

4.试烧一下芯片,并记下目标芯片的ID号

(如不需要对目标芯片的ID号进行校验,可跳过此步)

5.设置自动增量(如不需要自动增量,可跳过此步)

6.设置485控制信息(如不需要485控制,可跳过此步)

7.设置用户自定义下载命令(如不需要此功能,可跳过此步)

8.点击界面上的"读取本机硬盘号"按钮,并记下目标电脑的硬盘号

(如不需要对目标电脑的硬盘号进行校验,可跳过此步)

9.点击"发布项目程序"按钮,进入发布应用程序的设置界面

10.根据各自的需要,修改发布软件的标题、下载按钮的名称、

重复下载按钮的名称、自动增量的名称以及帮助信息

11.若需要校验目标电脑的硬盘号,则需要勾选上"校验硬盘号",

并在后面的文本框内输入前面所记下的目标电脑的硬盘号

12.若需要校验目标芯片的ID号,则需要勾选上"校验芯片ID号",

并在后面的文本框内输入前面所记下的目标芯片的ID号

13.最后点击发布按钮,将项目发布程序保存,即可得到相应的可执行文件