RPKM的优缺点

问题描述

精选答案

RPKM / FPKM有什么优缺点？

因为现在使用Illumina测序平台，绝大多数的测序都是使用双端测序，那么基本上我们一般对gene进行定量都是使用FPKM来进行。FPKM的优点大家都很了解了，能够矫正掉gene长度以及测序深度对gene表达定量的影响，那么FPKM的缺点大家是否熟悉呢？

一个比较容易被人提及的问题是对于不同批次测序的结果，所有gene的FPKM的总和不是一个固定的值。比如WT 测的所有gene的FPKM总和可能是10000，treat组测到的FPKM总和可能是15000，这样对于WT和treat组之间的差异表达gene的寻找就有可能出现问题，这个时候就需要用到我们常用的另一种矫正方法TPM。