scaffold在三代测序什么意思

问题描述

精选答案

scaffold

其实是基因组组装时的概念。涉及到的相关概念如下：

reads

：就是我们测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp。

contig

：中文叫做重叠群，就是不同reads之间的overlap交叠区，拼接成的序列就是contig

scaffold

:是比contig还要长的序列，获得contig之后还需要构建paired-end或者mate-pair库，从而获得一定片段的两端序列，这些序列可以确定contig的顺序关系和位置关系，最后contig按照一定顺序和方向组成scaffold，其中形成scaffold过程中还需要填补contig之间的空缺。