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南京大学拥有的本科专业含汉语言、戏剧影视艺术、历史、文物考古、物理学、天文学、地球科学、地质工程、气象学、大气物理学、地理信息科学、海岸海洋科学、电子信息、通信工程、微电子、材料科学与工程、光学工程、能源科学与工程、生物医学工程、新闻学、广告、传播学、广播电视新闻学、经济学、金融、保险学、国际经济与贸易、工商管理、会计学、市场营销、电子商务、人力资源管理、英语、俄语、日语、德语、法语、西班牙语、朝鲜语、、国际商务、生物化学、生物科学、政治学、行政管理学、劳动与社会保障、图书馆学、情报学、档案管理学、社会学、心理学、社会工作、化学、物理化学、应用化学、环境科学、环境工程、临床医学、基础医学、口腔医学、软件工程、信息系统工程、计算机科技、管理科学与工程、控制工程、建筑学、城乡规划等。

南京大学的物理学、天文学、地质学在国内学科评估中第一，化学、大气科学、图书情报学、外语学科国内第二，汉语言、历史、政治、哲学、数学、生物、建筑学、城乡规划等也处于一流水平。