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河海大学是教育部直属高校，位于南京，从其校名可以看出其是以水利为特色的重点高校，苏州大学为省属211院校，河海大学在第一批双一流建设中成功入选双一流学科建设高校，世界一流学科建设学科为水利工程、环境科学与工程；苏州大学前身是东吴大学，是中国最早以现代大学学科体系举办的大学，和河海大学一样，苏州大学也入选了世界一流学科建设高校行列，世界一流学科建设学科为材料科学与工程（物质科学与工程），从层次上来说两校差别不大，主要的区别在于河海大学是教育部直属，而苏州大学是省属，而且两校的专业特色有所区别，河海大学属于工科院校行列，以水利、土木等专业为特色，苏州大学属于综合性院校，发展比较均衡全面。

在第四次学科评估中，河海大学的水利工程获评A+，达到了该专业顶尖水平，除此以外，土木工程和环境科学与工程获评A-，其实力也是相当不错的，苏州大学的软件工程和设计学获评A-，由于苏州大学的综合性，在上榜学科数量上，苏州大学占据绝对优势，在学科质量上，由于河海大学行业特色，水利工程为A+，显示出其在该领域的绝对优势，可以看出在学科质量上，河海大学略胜一筹。另外，在一级学科硕士学位授权点和一级学科博士授权点数量上，苏州大学也是有绝对优势的。所以，两校有其各自优势特长所在，在部分指标上，苏州大学是有一定优势的。河海大学有2个学科入围一流学科建设名单。

5个学科进入ESI世界排名前1%；有1个一级学科国家重点学科，7个二级学科国家重点学科，2个二级学科国家重点学科培育点，15个博士后科研流动站，16个一级学科博士学位授权点、38个一级学科硕士学位授权点（含一级博士点）。苏州大学有50个一级学科硕士学位授权点，28个一级学科博士学位授权点，29个博士后科研流动站；4个国家重点学科。截至2019年3月，学校化学、物理学、材料科学、临床医学、工程学等11个学科进入全球基本科学指标（ESI）前1%，化学、材料科学2个学科进入全球基本科学指标（ESI）前1‰。