进项发票作废了已经认证了怎么处理

公司应该通知对方财务将已认证的进项发票在认证期做进项税额转出，同时报告对方税收管理员作出适当处理。

《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》(国税函[2003]785号)第四条规定：

在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。因此，对于公司作为销售方来说，作废该发票是违反上述规定的。

发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。收据才是收付款凭证，发票只能证明业务发生了，不能证明款项是否收付。

将客户已经认证(未抵扣)的发票作废了，该如何处理?

已经认证但未申报抵扣的专用发票对方作废了，购买方在申报当期增值税的时候自动把该张发票税额做进项税转出。

根据《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》(国税发〔2006〕156号)的有关规定，所称作废条件：

收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月;

销售方未抄税并且未记账;

购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。纳税人将不符合作废条件的发票进行了作废处理，应各自及时向双方主管税务机关报告，按照主管税务机关的要求处理。

进项发票作废了已经认证了怎么处理?